オプティマスプライムはガイアユニクロンを倒した代償に、記憶の一部を失ってしまった。メガトロンと友人だったころのオライオンパックスに戻り、だまされてディセプティコンの仲間になる。オプティマスを助けようと、ネメシスに潜入を試みるオートボット。さらに意外な人物も現れて・・・。