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超東驚スカイタワーに巻きついた巨大な竜、五角竜王・天武。彼は地球に迫っている「とてつもない脅威」を回避するため、世界最強のバディファイターを探しているという。主人公の少年、未門牙王は、バディのドラムバンカー・ドラゴンと共に天武とバディファイトを開始する。牙王の新しい必殺技！ドラムの新しい姿！そして、百体のモンスター！？「バディファイト100」の物語が幕を開ける。