銀河共和国の危機が迫る中、若きジェダイ、アナキンは再会したパドメと禁断の恋に落ちていく。

惑星ナブー侵略から10年。20歳になったアナキン・スカイウォーカー（ヘイデン・クリステンセン）はジェダイの騎士オビ＝ワン・ケノービ（ユアン・マクレガー）のパダワンになっていた。分離主義勢力と共和国の間で戦争の気運が高まる中、惑星ナブーの元女王であるパドメ・アミダラ議員（ナタリー・ポートマン）暗殺未遂事件が起こる。アミダラの護衛の命を受けたアナキンは、その過程で恋に落ちるとともに自らの暗黒面を知る。そして遂にアナキン、アミダラ、オビ＝ワン・ケノービは激しさを増す銀河星系間の衝突とクローン大戦に身を投じることになる。