ジェダイの戦士アナキン・スカイウォーカーは、ダークサイドへ誘惑され、皇帝の新たな手先ダース・ベイダーへと変貌する。

クローン大戦から数年後、シスが長年練り上げてきた陰謀を明らかにする。共和国は崩壊し、邪悪な銀河帝国が台頭。ジェダイ・マスターのメイス・ウインドゥ（サミュエル・L・ジャクソン）が最も恐れていたことが現実となりアナキン・スカイウォーカー（ヘイデン・クリステンセン）はダークサイドに染まり銀河皇帝の新たな手先ダース・ベイダーと化す。ジェダイは壊滅し、オビ＝ワン・ケノービ（ユアン・マクレガー）とジェダイ・マスターのヨーダは身を潜めることに。世界を救う唯一の希望は英雄的な運命を背負うことになるアナキンとアミダラが残した双子の存在だった･･････。