戦艦ネメシスを修理するため、メガトロンはダークエネルゴンの力を使う。強力になり意思を持つようになったネメシスは、動きを止めるビームでオートボットたちを次々と機能停止にしていく。さらにはメガトロンたちをも裏切り、機能停止にしてしまう。オートボットたちを治すため、ジャック、ミコ、ラフはファウラーとともにネメシスに潜入するが・・・？