砂漠に不時着したオートボットの宇宙船を調べていたオプティマスプライムはサイバロック・ウィルスに感染してしまう。それを治せるのはウィルスをつくったメガトロンだけだ。アーシーとバンブルビーは戦艦ネメシスに忍び込み、眠っているメガトロンを発見。メガトロンの脳内に侵入したバンブルビーがそこで見たものとは！？