オプティマスプライムは、アルファトライオンのメッセージから、最後の遺産がサイバトロン星を再生する4つのカギ、オメガ・キーだということを知る。一方、メガトロンは、マトリクスセイバーに対抗するため、ダークエネルゴンから闇の剣を作り出していた・・・！