ラフを乗せてオートボット基地を出たジューンの車が、竜巻にまきこまれてしまう。ガイアユニクロンの目ざめの時が近づき、異常気象が地球全体をおそっているのだ。太古の昔、先代のプライムたちは力を合わせ、ガイアユニクロンを封印した。その封印が今とかれようとしている。メガトロンはガイアユニクロンを利用しようとするが・・・？